吴兴区是湖州中心城市的所在地，位于太湖南岸  境内地势西南高、东北低，以东苕溪导流港为界，西部以低山丘陵为主，间有零星平地，自古河网纵横，有水乡泽国、江南水晶宫之称。
    自吴兴区政府成立以来，区委区政府高度重视太湖治理，一方面积极探索河湖生态护岸建设新模式。从生态角度出发，采用“松木桩”、“生态砌块”、“生态袋护坡”、“水生植物护坡”等先进生态环保技术进行河道建设，使河道除具备防洪功能外，还结合周边用地功能具备生态水体净化、河岸绿化的功能，实现了河岸与河道生态沟通的目的。至2015年底，共建设生态护岸38公里，共投入资金2700万元。
    另一方面，加大力度实施入湖河道蓝藻治理工程。严格实行“上面有人抓，下面有人做，工作有重点，情况有人报”的蓝藻监测打捞工作机制，专门购置了一艘蓝藻打捞专用船，显著提高了蓝藻打捞水平和效率，实现了由人工打捞为主向机械化打捞转变，每年的夏秋期间，该区在城北水闸、潘公桥、余家漾、太湖沿边河道等水域打捞，近年来累计出动车船65次、人员250人次，清理蓝藻260吨，确保未发生因蓝藻大面积死亡而引发恶臭现象。