近年来，南浔区大规模水利建设全面推进和水利管理服务领域不断拓展，水利投入资金大、工程项目多、而且涉及的环节多、专业性强、廉政风险高。为进一步强化资金监管，规范资金使用，确保工程建设顺利进行，使工程质量有更大保障，区水利局在采取配齐、配强内部审计工作人员的同时，由区审计局、区国资委联合第三方跟踪审计单位对全区小型农田水利重点县、中小河流治理重点县、浔南圩区整治工程等重点水利工程项目的实施进行全过程跟踪审计。
    对于传统的事后审计来说，跟踪审计涉及的建设项目资金管理链条更长、内容更多、范围更广。近期，区水利局计划建设科、财务办、区水利建设投资公司和区审计局、第三方跟踪审计相关单位对已完工的项目先后完成了概算审计、施工合同审计等专项审计的同时，对在建重点水利工程强化日常监督，认真开展过程跟踪，及时深入施工现场，对工程进度、工程质量、资金支付、设计变更等情况进行审计。由于水利工程具有其特殊性，在跟踪审计过程中，审计人员如发现施工断面现场开挖工程量与设计差异较大时，就督促施工方及时完善工程变更签证，并及时经监理、设计、建设和审计等部门确认，很好地杜绝了虚增工程量的现象。
   南浔区通过实行重点水利建设项目跟踪审计制度，由审计局专人进驻施工一线，核对每个分项工程量，审查每笔工程款支付，做到跟踪审计贯穿建设项目的各个环节，对建设项目的全过程进行连续、全面、系统地审计。确保水利专项资金使用规范。