2006年至2011年底，吴兴区实施第一轮河道清淤工程，完成河道清淤1079公里、清淤土方1578万方。从2012年9月至今，实施第二轮河道清淤工程，已实施河道清淤335公里，清淤土方420万方。经过两轮大规模河道清淤，河道的防洪、排涝、灌溉、供水、通航等综合功能进一步显现，有力地促进了区域社会经济的发展。
    进一步加快生态河道建设，目前总计完成10条25公里河道的生态化建设，主要对太湖沿岸北横塘以北的溇港进行生态化整治建设，采取生态砌块护岸、生态材料护岸和水生植物护岸等模式，形成连片生态化河道，保护了河道内生物的多样性。目前吴兴区范围内的生态化河道建设已成为全市水生态文明建设的样板。
    注重湖漾水环境的水体治理。加强对湖漾的保洁工作，让水“清”起来。以水面漂浮物、沉船等障碍物及沿岸垃圾为清除清理重点，通过建立湖漾保洁长效管理机制，落实保洁人员、打捞队伍和保洁经费，切实推进湖漾水环境整治。大力开展漾底清淤，让水“美”起来。重点采用“环保绞吸式吸淤船”工艺对西山漾实施底泥清淤扩容，实现漾区清淤面积100万方和清淤土方188万方目标，并用两年的时间完成了东部新城湖漾河道清淤以及环漾、沿河绿化整治。沟通漾区水系，让水“活”起来。按照湿地整体布局，通过疏通西山漾连接周边的草荡漾、塔荡漾等漾区，避免因湿地环境过度分割而导致湿地环境退化，充分发挥湿地湖漾密布的生态优势。