吴兴区境内地势西南高东北低，以东苕溪导流港为界，西部以低山丘陵为主，间有零星平地，东部为典型杭嘉湖平原河网区。全区水域总面积计64.4平方公里，其中山塘水库水域面积7.5平方公里（含一个中型水库老虎潭水库、20座小型水库和243座山塘）；河道水域面积40平方公里（含1492条1469公里河道）；湖漾、池塘水域面积16.9平方公里（含80个湖漾和793个零星池塘）。自2006年以来，吴兴区水利局积极采取五项措施，加强水域保护工作。
    开展河道清淤和生态河道建设。2006年至2011年底，实施第一轮河道清淤工程，完成河道清淤1079公里、清淤土方1578万方。从2012年9月至今，该局紧紧抓住“五水共治”契机，实施第二轮河道清淤工程，已实施河道清淤335公里，清淤土方420万方。经过两轮大规模河道清淤，河道的防洪、排涝、灌溉、供水、通航等综合功能进一步显现，有力地促进了区域社会经济的发展。此外，加快生态河道建设，总计完成10条25公里河道的生态化建设，主要对太湖沿岸北横塘以北的溇港进行生态化整治建设，采取生态砌块护岸、生态材料护岸和水生植物护岸等模式，形成连片生态化河道，保护了河道内生物的多样性。目前吴兴区范围内的生态化河道建设已成为全市水生态文明建设的一个样板。
     注重湖漾水环境的水体治理。加强对湖漾的保洁工作，让水“清”起来。以水面漂浮物、沉船等障碍物及沿岸垃圾为清除清理重点，通过建立湖漾保洁长效管理机制，落实保洁人员、打捞队伍和保洁经费，切实推进湖漾水环境整治。大力开展漾底清淤，让水“美”起来。重点采用“环保绞吸式吸淤船”工艺对西山漾实施底泥清淤扩容，实现漾区清淤面积100万方和清淤土方188万方目标，并用两年的时间完成了东部新城湖漾河道清淤以及环漾、沿河绿化整治。沟通漾区水系，让水“活”起来。按照湿地整体布局，通过疏通西山漾连接周边的草荡漾、塔荡漾等漾区，避免因湿地环境过度分割而导致湿地环境退化，充分发挥湿地湖漾密布的生态优势。
     加强水库山塘等湿地保护区内的水政执法力度。加强对库区违法用地、开采、采砂等行为的查处力度，加强巡查管理和安全管理力度，对所有水库山塘湿地做好禁示标牌、标语，严禁水库山塘中游泳、垂钓、洗澡、洗涤等行为。进一步加强宣传教育力度，营造全民保护湿地的良好氛围。在建成的湿地资源区，积极通过加强执法确保水库山塘水域及沿岸无污染源，并定期进行检查，一旦发现可疑情况，立即上报和采取有效措施。
     加强河道水域管理。结合“三改一拆”和“矿山整治”活动，拆除影响河道行洪的违章建筑。一方面根据“三改一拆”行动方案，先后查处一批水事违法案件；另一方面加大执法力度，对水利工程管理范围内的违章建筑、水库围堰等水事违法行为，做到发现一起查处一起，全面遏制新的违法占用水域行为，确保河湖行洪畅通、水清岸绿、环境优美、人水和谐。
     实施沉船打捞和断头河整治。去年5月，区水利局在摸清全区河道沉船的底数后，专门开展了为期一个月的“沉船整治攻坚”行动。目前，全区沉船全部打捞完毕，并将沉船问题纳入了河道日常管理工作范围，以确保河道沉船整治进入常态化。同时，大力实施断头河整治工作，对全区排摸出的能沟通的11条断头河，按照“疏通水系，恢复通畅”的标准，因地制宜，确定整治方案。目前，11条断头河的沟通方案已经制定，目前已完成了8条断头河的整治任务，其它3条断头河正在整治中。到2015年底，对具备沟通条件的11条“断头河”全部完成水系沟通。